Das Ensemble, umgeben von undurchsichtigen Mauern, befindet sich in der nordwestlichen Ecke des Rathausplatzes von Kaunas. Die hohen und ausdrucksvollen Gebäudeformen der Kirche und des Hauptgebäudes des Klosters bilden eine einheitliche Komposition, die sich sehr organisch mit den anderen ringsum angelegten Gebäuden und dem Rathaus verbindet. Das Ensemble besteht aus der Kirche der Hl. Dreifaltigkeit, dem Zentralgebäude und dem Westkorpus des Bernhardiner-Klosters, dem Familienhaus, dem Wirtschaftsgebäude und der Mauer mit Tor.

Beschreibung

Das Hauptgebäude des Ensembles steht an der südlichen Seite und unterscheidet sich von den anderen Bauten durch sein Volumen – es ist die am Rathausplatz errichtete Kirche der Heiligen Dreifaltigkeit. Die Glocken im Turm spielten früher eine besondere Rolle: sie warnten vor drohender Gefahr, riefen zum Kampf oder zur Verteidigung, luden zum Gebet ein. Heutzutage erzählt ihr Klang den neuen Generationen die Geschichte des Volkes und des Staates.

Die Kirche der Hl. Dreifaltigkeit, ein Werk der Spätrenaissance mit auffälligen Eigenschaften der Gotik, wurde 1624–1634 an der Stelle von Wohngebäuden erbaut, die von einem Feuer vernichtet wurden. Dieser Ort wurde auch später von Feuersbrünsten begleitet: Im Jahre 1668 wurde das Innere der Kirche durch einen Brandes zerstört. Bis zum Anfang des 18. Jahrhunderts wurde die Renovierung abgeschlossen: das Innere wurde im Barockstil mit verzierten Altären aus Holz erneuert, der Glockenturm wurde ein Stück angehoben und das Dach neu gedeckt. Im Jahre 1939 hat der Architekt M. Songaila weitere Erneuerungen in das Interieur eingebracht. 1978 wurde die Kirche dem Priesterseminar übergeben. 1982 erhielt die Kirche neue moderne Altäre.  

Das Äußere der Kirche hat sich im Laufe von Jahren kaum verändert, widerspiegelt den Stil der Spätrenaissance aus der ersten Hälfte des 17. Jh. mit dem für die Franziskaner typischen gotischen Stil: das Heiligtum hat Hallenform, rechteckige Formen, ein niedrigeres Presbyterium und zusätzliche Seitenbauten mit Türmen; die drei mit Pfeilern getrennten Schiffe sind mit Kreuzgewölben gedeckt, auf denen Sternenmotive dargestellt sind; die Wandflächen sind von Spitzbogenfenstern unterbrochen.

An der Südseite, am Seitenschiff, wurde auf originelle Weise ein viereckiger Glockenturm mit einem Eingang direkt vom Platz angelegt. An der Nordseite befindet sich eine schmale Galerie mit einer Treppe nach oben in den zweiten Stock des Klosters und zum Orgelchor. Auf beiden Seiten des Presbyteriums befinden sich Nebenräume, und neben dem Turm gibt es eine Kapelle. Die Fassaden werden durch breite Pilaster aufgeteilt. Zwischen den Pilastern sieht man hohe und spitz zulaufende Fensterformen. Die westliche Fassade wird von zwei Säulen gestützt, zwischen denen eine Nische für Skulpturen der Renaissance vorgesehen ist. Die Ecken des Turmes sind durchgehend gestützt. Der Portalbogen wird von beiden Seiten von Pilastern geziert, oben befindet sich ein dreieckiges Gesims, etwas höher – eine Reihe kreisrunder Fenster, rechteckige und halbrunde flache Nischen, längliche Bogenfenster. Die grauen Elemente kontrastieren mit dem helleren Hintergrund der Wände. Der Innenraum wird von Kreuz- und Zylindergewölben überdacht. Das Gewölbe des Presbyteriums ist sternförmig, was für den gotischen Stil typisch ist.  

Das Jahr 1617 war für die Entstehung des Klosters entscheidend, weil nämlich in diesem Jahr der Marschall des Landeskreises Kaunas, Aleksandras Grigorijus Masalskis und seine Frau Apolonija Jasinskaitė-Masalskienė die Bereitschaft erklärten, das Kloster zu gründen. Das passierte nachdem Ihre Tochter Sofija Viktorija Masalskytė dem Kloster beigetreten war. Die Entscheidung der Tochter hat wahrscheinlich den Marschall Masalskis dazu bewegt, die Rolle des Gründers zu übernehmen. 1619 hat er den Nonnen ein Stück Landes geschenkt und den Bau des Klosters finanziert. Am 4. Februar 1634 unterschrieb der Marschall Aleksandras Masalskis offiziell die Gründungsurkunde, womit er dem Kloster die Grundbesitze Zapyškis und Dabravolė (Virbališkis), Backsteinhäuser in Kaunas und das Grundstück für das Kloster schenkte.

Nach dem Brand der Stadt im Jahre 1624 wurden die Gelder der Familie Masalskiai eingesetzt, um anstelle der abgebrannten Wohnhäuser den Grundbesitz der Bernhardiner zu schaffen. Um die neu erworbenen Grundstücke zu einem zu verbinden, mussten die Nonnen eine Genehmigung von König Sigismund Wasa bekommen. Sie gestattete ihnen, eine Straße zu schließen, die durch die Quartale verlief. Das Gebiet der ehemaligen Häuser wurde unter Verwendung ihrer Überreste 1624–1634 umgeplant, und es wurden die Kirche der Hl. Dreifaltigkeit aus Backstein und das zweistöckige Klostergebäude errichtet. Die besaß 5 Altäre und ersetzte die vorherige kleine Holzkirche.

Im 17. Jahrhundert wurden das Kloster und die Kirche mehrmals Opfer von Verwüstung und Brandstiftung. 1667 hat die Warschauer Regierung die Nonnen des Klosters von den Steuern befreit, um die Kirche und das Kloster zu reparieren, die während der russischen Besatzung in der Mitte des 17. Jahrhunderts stark verwüstet und niedergebrannt worden sind.

1864 wurde das Bernhardiner-Kloster geschlossen, die Nonnen mussten in die Benediktinerkloster in Kaunas und in Kražiai übersiedeln. Die freien Räumlichkeiten wurden an das Priesterseminar der Diözese Žemaitija übergeben, und die Kirche der Hl. Dreifaltigkeit der Gemeinde. Im Jahre 1929 wurde der westliche Teil des Klostergebäudes nach dem Entwurf des Architektes Vaclovas Michnevičius um zwei zusätzliche Stockwerke erhöht. 1933 wurde der Gebäudekomplex um das Verwaltungsgebäude nach dem Entwurf es Architekten Karolis Reisonas ergänzt. 1938–1948 wurde das Kloster von den Salesianern verwaltet. 1963 wurde die Kirche für die nächsten zehn Jahre geschlossen, und nach der Öffnung dem Priesterseminar Kaunas zugeteilt.  

Architektonisch ist das Klosterkomplex deutlich vom nordeuropäischen Manierismus geprägt. Die alten Klosterbauten haben viele authentische architektonische Elemente erhalten: unter dem Stuck sind interessante barocke Wandmalerei erhalten, an den Fassaden wurden wertvolle Fragmente der gotischen Architektur freigelegt. Erhalten blieb auch die Struktur des geschlossenen und isolierten Ensembles. 

1595 kauften die Nonnen das Backsteinhaus des Bürgermeisters Panus Špilen am Platz. Mit der Planung und den Bauarbeiten des Bernhardiner-Klosters auf dem mit gotischen Wohnhäusern bebauten Platz wurde im 9. Jahrzehnt des 16. Jahrhunderts. Das gesamte Ensemble der Klosterbauten und der Kirche wurde im 3.-5. Jahrzehnt des 17. Jahrhunderts geformt, anstelle der ehemaligen Wohnhäuser der Stadteinwohner. Der neu entstehende Komplex umfasste zwei geplante und in Grundstücke aufgeteilte Viertel mit acht Siedlungen. Beide Viertel trennte die Neries-Gasse, die vom Platz zum Schloss führte. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts jedoch wurde der Bau des Klosters gestoppt. Später wurden die Bauten mit dem Gebäude der Kirche der Hl. Dreifaltigkeit verbunden, und heute sehen wir, wie die im gotischen Stil errichtete Mauer die westliche Kirchenfasade formt.

Zu Beginn des Christentums in Litauen, d.h. in den ersten zwei Jahrzehnten des 15. Jahrhunderts, wurde die Pastoralarbeit in den meisten Fällen von den ausländischen Priestern geleistet. Zu radikalen Änderungen kam es im Jahr 1563. Damals wurde die Entscheidung getroffen, an jeder Stadtkirche oder Kathedrale Seminare zu gründen, im denen Männer ein Priesterausbildung erhalten konnten.

Das nationale Bewusstsein der litauischen Geistlichen weckte damals der Priester Antanas Baranauskas, der damit begann, den Unterricht auf Litauisch abzuhalten. Das Unterrichten der Geschichte des Heimatlandes hat bei den litauischen Geistlichen allmählich zu einem litauischen Selbstwertgefühl geführt. In der unterrichtsfreien Zeit verteilten die Geistlichen die litauische Presse. 1884 wurden die erste Zeitung „Lietuva“ gedruckt und veröffentlicht, aber nach den ersten drei oder vier Ausgaben hat die Leitung des Seminars die nächsten Ausgaben gestoppt. Seit dem Beitritt des Geistlichen Juozas Tumas-Vaižgantas erhielt das Seminar endgültig eine litauische Ausrichtung bekommen. Nach Übernahme der Leitung des Seminars durch Jonas Mačiulis-Maironis im Jahre 1909, studierten am Seminar zwei Jahre später bereits 139 zukünftige Priester.

Während des Ersten Weltkrieges wurde das Seminargebäude von der deutschen Armee besetzt und in ein Militärkrankenhaus umgewandelt. Im Jahre 1918, gleich nach der Unabhängigkeitserklärung Litauens, wurde das Seminar wieder geöffnet, und vier Jahre später gab es dort bereits 6 Studiengruppen. 1934 wurde ein neues Seminargebäude gebaut. 1935 wurde das Museum der kirchlichen Kunst als Abteilung des Seminars gegründet. Dafür wurden zusammen mit dem Rektorat spezielle Räumlichkeiten gebaut. 

Das Priesterseminar in Kaunas empfängt Besucher sowohl an Werktagen als auch an den Wochenenden.