Ansamblis išsidėstęs Kauno Rotušės aikštės šiaurės vakarų kampe, aptvertas aklinomis mūro sienomis. Aukšti, raiškių formų bažnyčios ir centrinių vienuolyno rūmų tūriai sudaro glaudžią kompozicinę jungtį su kitais aikštės pastatais ir Rotuše. Ansamblis susideda iš Švenčiausiosios Trejybės bažnyčios, Bernardinų vienuolyno centrinių rūmų, vakarinio korpuso, šeimynos namo, ūkinio pastato ir tvoros su vartais.

Aprašymas

Pagrindinis ansamblio statinys stovi pietiniame ansamblio krašte, išsiskirdamas iš aplinkos stamboku tūriu tai – Švenčiausiosios Trejybės bažnyčia Rotušės aikštėje. Varpai bokšte anais laikais perspėdavo apie artėjantį pavojų, šaukė į kovą, kvietė melstis. Šiandien jų skambesys tarsi leidžia išgirsti savo tautos bei valstybės istoriją.

Bažnyčia pastatyta 1624–1634 m. gaisro nuniokotų mūrinių gyvenamųjų namų vietoje. Šią vietą ir toliau lydėjo gaisrai: 1668 m. gaisro metu sunaikintas bažnyčios interjeras. Iki XVIII a. pradžios įrengtas naujas barokinis interjeras su raižyto medžio altoriais. XVIII a. kiek paaukštintas varpinės bokštas ir uždengtas nauju stogeliu. 1939 m. pagal architekto M. Songailos projektą interjeras kiek atnaujintas. 1978 m. bažnyčia atiteko Kunigų seminarijai. 1982 m. įrengti nauji modernūs altoriai.

Bažnyčios išorė vėlyvojo renesanso stiliaus mažai pakitusi ir atspindi XVII a. Iosios pusės pranciškonų statyboms būdingą „gotikizuojantį” stilių: šventovė halinė, stačiakampio formos, su žemesne presbiterija ir priestatais bei bokštu prie šono, ant aukšto stogo ir apsidės yra bokšteliai; tris pilioriais atskirtas navas dengia kryžminiai skliautai, suskaidyti dekoratyvinių žvaigždžių motyvo nerviūromis; sienų plokštumas skaido gotikinių formų smailių sąramų langai. 

Bažnyčios pamatai akmens ir plytų mūro, sienos sumūrytos iš plytų, tinkuotos, aukštas stogas dengtas stiegėmis. Pastatas stačiakampis, trinavio halinio tūrio, su siauresne ir žemesne presbiterija, užbaigta pusapskrite apsida. 

Iš pietų pusės, prie šoninės navos, originaliai prijungtas kvadratinis varpinės bokštas su įėjimu iš aikštės. Prie šiaurinio šono glaudžiasi siaura galerija, iš kurios laiptai veda į vargonų chorą ir vienuolyno antrąjį aukštą. Abipus presbiterijos yra pagalbinės patalpos, šalia bokšto – koplyčia. Fasadus skaido platūs piliastrai, tarp piliastrų – aukšti, smailiaarkiai langai. Presbiterijos fasado piliastrai su stiegėmis dengtais kapiteliais. Vakarų fasadą remia dvitarpsniai kontraforsai, tarp jų – renesansinės nišos skulptūroms. Bokšto kampai suremti ištisinėmis mentėmis. Portalo arką iš šonų puošia piliastrai, viršuje – trikampis sandrikas, kiek aukštėliau – apskritų langelių eilutė, laužytos stačiakampės bei pusapskritės lėkštos nišos, ištįsę arkiniai langai. Pilki orderio elementai kontrastingai išsiskiria šviesesniame sienų fone. Vidaus erdvę dengia kryžminiai ir cilindriniai skliautai. Presbiterijos skliautas žvaigždinis, būdingas gotikai. 

Bernardinų vienuolyno fundatorius atsirado tik apie 1617 m., juo tapo Kauno pavieto maršalka Aleksandras Grigorijus Masalskis su žmona Apolonija Jasinskaite-Masalskiene. Jų dukra Sofija Viktorija Masalskytė įstojo į Bernardinų vienuolyną, greičiausiai tai paskatino vienuoles apdovanoti fundacija. 1619 m. Kauno pavieto maršalka Aleksandras Masalskis padovanojo iš naujo steigiamam vienuolynui valdą ir fundavo statybas 1634 m. vasario 4 d. surašytu fundaciniu aktu A.Masalskis dovanojo Zapyškio ir Dabravolės (Virbališkių) valdas, mūrinius namus Kaune ir sklypą vienuolynui. Pasinaudojus Masalskių lėšomis, po 1624 m. miesto gaisro, sudegus gyvenamiesiems pastatams, čia pradėta kurti bernardinų valda. Norėdamos sujungti naujai įsigytus sklypus, vienuolės išsirūpino karaliaus Zigmanto Vazos leidimą panaikinti kvartalus skyrusią gatvelę. Vietoje dviejuose gretimuose sklypuose buvusių pastatų panaudojant jų likučius 1624–1634 m. teritorija buvo perplanuota ir  pastatyta mūrinė Švč. Trejybės bažnyčia su 5 altoriais, pakeitusi ligtolinę medinę bažnytėlę, ir dviaukštis vienuolynas.

XVII a. bažnyčia ir vienuolynas kelis kartus niokoti ir deginti. 1667 m. Varšuvos seime pažymėta, kad Kauno bernardinų bažnyčia, vienuolynas ir visos valdos XVII a. vidurio Rusijos okupacijos metu buvo stipriai nuniokotos ir sudegintos, todėl keturiems metams vienuolės buvo atleistos nuo mokesčių, kad galėtų susiremontuoti bažnyčią ir vienuolyną. 

1864 m. Bernardinų vienuolynas buvo uždarytas,  seserys perkeltos į Kauno ir Kražių  benediktinų vienuolynus. Laisvose vienuolyno patalpose įsikūrė Žemaičių vyskupijos kunigų seminarija, Švč. Trejybės bažnyčia perleista parapijai. 1929 m. pagal architekto Vaclovo Michnevičiaus projektą ant vienuolyno vakarinės dalies pristatyti dar du aukštai.  1933 m. statinių kompleksą papildė Karolio Reisono suprojektuotas seminarijos administracinis pastatas. 1938–1948 m. komplekse šeimininkavo saleziečiai. 1963 m. bažnyčia buvo uždaryta dešimtmečiui, vėl atidaryta atiteko Kauno kunigų seminarijai.

Vienuolyno namų architektūroje – ryški Šiaurės Europos manierizmo įtaka. Išlikusiuose senuosiuose vienuolyno rūmuose nemaža autentiškų architektūros elementų: po tinku išlikusi įdomi barokinė sienų tapyba, fasaduose atidengti vertingi gotikinės architektūros fragmentai. Išsaugotas ir uždaro, izoliuoto ansamblio pobūdis.

Dar 1595 m. vienuolės įsigijo mūrinį burmistro Panuso Špileno namą prie aikštės. Bernardinų vienuolynas pradėtas kurti XVI a. 9-ame dešimtmetyje, sklype, užstatytame gotikiniais miestiečių namais. Visas vienuolyno pastatų su bažnyčia ansamblis susiformavo XVII a. 3–5 dešimtmečiais, vietoje buvusio posesijinio miestiečių gyventojų sklypų užstatymo. Besikuriantis kompleksas apėmė du suplanuotus ir suskaidytus sklypais kvartalus su aštuoniomis miestiečių valdomis. Abu kvartalus skyrė nedidelė Neries gatvelė, ėjusi iš aikštės link pilies. Tačiau XVII a. pradžioje vienuolyno kūrimas sustojo. Vėliau minėtas pastatas įjungtas į Šv. Trejybės bažnyčios tūrį ir šiandien matome kaip gotikinio mūro siena formuoja vakarinį bažnyčios fasadą.

Krikščionybės Lietuvoje pradžioje, t. y., pirmuosius XV a. dešimtmečius, pastoracinį darbą Lietuvoje dirbo daugiausia svetimšaliai kunigai. Radikalūs pasikeitimai įvyko 1563-iais metais, kuomet nuspręsta, kad prie visų katedrų ir metropolinių bažnyčių būtų įsteigtos seminarijos, kuriose būtų ruošiami kunigais tapti pasiryžę vyrai.

Lietuvių klierikų tautinį sąmoningumą seminarijoje žadino kunigas Antanas Baranauskas, pradėjęs dėstyti lietuviu kalba. Tėvynės istorija nejučiomis ugdė lietuvišką savimonę. Atostogų metu klierikai platino lietuvišką spaudą. 1884 m. pradėjo leisti laikraštį „Lietuva“, tačiau išleidus tris ar keturis laikraščio numerius, seminarijos vadovybė leidybą sustabdė. Prisijungus klierikui Juozui Tumui-Vaižgantui, seminarija galutinai sulietuvėjo, o 1909 m. seminarijos vairą perėmus Jonui Mačiuliui-Maironiui, po poros metų jau mokėsi 139 būsimieji kunigai.

 I-ojo pasaulinio karo metu seminarijos rūmus užėmė vokiečių kariuomenė ir pavertė juos karo ligonine. Lietuvai atgavus nepriklausomybę – 1918 m. seminarija pradėjo veikti, po keturių metų joje buvo 6 kursai. 1934 m. buvo pastatyti nauji seminarijos rūmai. 1935 m. prie seminarijos įkurtas bažnytinio meno muziejus, kuriam pastatytos specialios patalpos kartu su rektoratu. 

Kauno kunigų seminarijos svečiai priimami darbo dienomis ir savaitgaliais.